alutherm, ваше право так считать.
Я, например, считаю что USB-брелок защищающий от нелегального использования - это техническое средство защиты информации. Вы производите его продажу и обслуживание в рамках поставки ПО - следовательно однозначно подпадаете под пункт 1. Как посчитают чиновники - вы можете узнать написав письменный запрос в соответствующее ведомство, чтобы быть уверенным. Я полагаю, что если у вас в документах будет описано основное назначение брелка - вопросы возникнут уже на этапе растаможки. Если привезете это в кармане, то при отчетности возникнут вопросы - как вы привезли в страну то, что продаете 
Одного моего друга, например, остановили в Москве в аэропорту (рейсом из киева), когда он в частном порядке вез около 50 таких брелков в филиал собственной фирмы - не на продажу, а для собственного использования - брелки засветились на рентгене - там все было цивильно - оцепление из охраны, задушевные беседы с военными на предмет зачем везете - в итоге чела продержали пару часов, а сумка с брелками осталась на таможне, а забрать ее дали только при выезде из страны.
По поводу остальных вопросов - полагаю, что на них не отвечают в связи с тем, что вопросы задаются не совсем правильно и с приведением неполной информации.
Уплата налога на роялти в теории возможна только в том случае, если это будет прописано в договоре именно, как роялти. Если роялти прописано не будет, а договор будет, скажем, о комиссии - то о каких авторских правах вообще речь? Договор у вас уже есть на руках? В вашем случае продажа ПО - это 3 сделки - на каком конкретно этапе интересна схема по роялти? Какие конкретно договоры будут для каждого из этапов?
Схема с роялти иногда используется для уменьшения базы налогов по переводам зарубежному контрагенту - если контрагент возьмет в своей налоговой документ подтверждающий, что он платит налоги в своей стране, то часть налогов уплаченных вами здесь за вашего контрагента вернется во избежание двойного налообложения по действующим соглашениям между странами. Такие бумажки ваш партнер должен будет вам предоставлять каждые полгода. Некоторые другие налоги также уменьшаются подобным образом, но налог на роялти в такой схеме для некоторых стран получается минимальным - поэтому такие договора и используют.
Вообще, в вашей схеме в зависимости от договоров и того, что там будет написано, еще нужно будет платить налог на доходы иностранных юридических лиц и т.п. Чтобы окупить затраты - можете смело добавлять где-то процентов, как минимум, 50% к стоимости выставляемой вашими немцами - без учета НДС.
Если вы не являетесь бухгалтером, которому дали задание все это правильно провести, то я посоветовал бы вам не ломать себе мозг техническими деталями - дайте задание все это сделать своему бухгалтеру. Если же вы бухгалтер и у вас пробелы в образовании и опыте - составляйте письменные запросы в МНС и Минторг по вашим конкретным вопросам, если вас не устраивают ответы Я бы такие запросы на вашем месте отправил в любом случае - даже будучи 100% уверенным во всех ответах.
