metisss, ничтожной - точно нет.
это оспоримая сделка, т.е. сделка, которую суд может признать недействительной.
в вашем случае признать договор займа недействительным - практически без шансов.
во-первых, директор сам является аффилированным лицом, а в силу части 5 ст. 57 Закона о хозобществах - Решения общего собрания участников хозяйственного общества о сделке, в совершении которой имеется заинтересованность его аффилированных лиц, не требуется в случае, если все участники хозяйственного общества являются аффилированными лицами этого общества и в соответствии с частью первой настоящей статьи заинтересованы в совершении такой сделки.
был ли второй участник заинтересован - конечно да, ведь речь о пополнении оборотных средств для развития предприятия, более того - он директор, а созыв собрания - это задача директора.
далее - даже если собирать собрание - Решение общего собрания участников хозяйственного общества о сделке, в совершении которой имеется заинтересованность его аффилированных лиц, принимается общим собранием участников хозяйственного общества большинством от общего количества голосов участников хозяйственного общества, не заинтересованных в совершении этой сделки - та же ст 57, часть 2, т.е. решение о привлечении займа второй участник принимал бы единолично.
по сути - он его принял путем подписания договора.
во-вторых, признание сделки недействительной влечет двустороннюю реституцию, т.е. каждая из сторон обязана возвратить другой все полученное по сделке (ст 168 ГК)
т.е. - Общество будет обязано возвратить займодавцу денежные средства 
поэтому не следует верить сказкам директора, оформляйте письменную претензию и в суд обращайтесь, если добровольно не начнет возвращать займ.
