для планирования поездок по Польше можно использовать http://www.e-podroznik.pl (комбинирует автобусы и поезда), там же можно купить некоторые билеты, билеты на междугородние поезда продаются на сайте intercity.pl, если покупать заранее, то продают со скидками (за 3 недели - 30%, обычно билет 2-го класса на любой маршрут около 45-50 злотых, 2 недели - 20%, за неделю - 10%), если есть карта поляка, то плюс дополнительно 37% скидка. В поездах типа IC есть розетки в подлокотниках, угощают чаем/соком. Там же можно купить билеты на международные экспрессы типа Варшава-Берлин (стоит около 30 евро). Еще у поляков есть групповые билеты на поезда, билеты выходного дня, можно ездить бюджетно и с комфортом.
Почти все международные автобусы в/из Польши прибывают на вокзал "Варшава Заходня", там же одноименный ж/д вокзал (перейти можно по подземному переходу), почти все поезда, в т.ч. в Гданьск, проезжают через этот вокзал, так что это удобный пункт пересадки поезд-автобус (по сравнению с центральным ж/д и остановкой "варшава центрум", которая у разных автобусов в разных местах).
Я ехала на поезде Гданьск-Белосток (около 7 часов, довольно долго), через Варшаву быстрее и интереснее. Вариант самолета "Варшава-Гданьск" имеет место быть, но если учитывать необходимость ехать в аэропорт и ждать там около часа и примерно так же по прилету, то поездом может быть быстрее (2,5-3 часа)