Compiller:
ну и методику слияния заполненных баз в одну программу, без затирания имеющихся данных
На текущий момент, встроенного функционала слияния БД SQLite, в программе нет. Но вполне вероятно такое сможет появиться, если пользователи убедят Фонд в необходимости наличия в программе Ввод ДПУ подобного функционала 
Пока можно использовать утилитки, например SQLiteStudio. Но это исключительно, на свой страх и риск ))
Compiller:
и выгрузки бы тоже не помешало (бухгалтера могут меняться, у бухгалтерских контор-аутсорсеров могу приваливаться и отваливаться клиенты)
Этот пункт тесно связан с предыдущим, в принципе реализации в будущих версиях и наличии пожеланий пользователей к Фонду )
Сейчас же, можно выгружать плательщика из БД SQLite определённым образом:
1. Создать архив БД (Сервис/Архивировать базу данных/указать папку для архива)
2. Удалить всех лишних плательщиков из программы и создать ещё один архив БД (его и можно передавать плательщику)
3. Восстановить предыдущий сохранённый архив БД, заменив файл БД в папке, на которую ссылается программа. Этот пункт нужно делать при закрытой программе Ввод ДПУ
Таким образом можно выгружать и загружать нескольких плательщиков