Safula, вопрос удаления был какое-то время назад актуален у моей жены. В то время она перешла на iphone c более ранней модели от HTC. Все контакты у нее уже тогда хранились в ее Google аккаунте и синхронизировались с мобильными устройствами. В причине самопроизвольного удаления я тогда так и не разобрался, однако восстановить удаленный контакт оказалось просто из web интерфейса gmail, в закладке управления контактами.
Дублирование: могу предположить, что телефон услужливо предлагает вам в виде отдельных контактов ссылки на людей, которые упоминаются у Вас в почте и других мессенджерах, аккаунты которых, настроены на вашем телефоне. В свое время я такие контакты просто объединял средствами телефона в один.
От себя так-же могу рекомендовать хранилище от google как довольно надежное и удобное место для хранения ваших контактов. В настоящее время практически все современные устройства легко могут подключиться к гугл-аккаунту и содержать контакты в актуальном состоянии.
P.S. Кроме google, можно пользоваться и другими облачными сервисами. При настройке нового аккаунта, в меню синхронизации, можно ознакомиться с доступным перечнем возможных.