Артёмка, повторю то, что многое здесь зависит от формы договора и цели платить налоги в той или иной стране.
Так, при обычном трудовом договоре, когда вы будете являться сотрудником юрлица РФ - возможны варианты с уплатой налогов и в РФ, и/или в РБ. Физическое местоположение в РБ здесь не имеет особого значения - граница отсутствует, а справки из МНС той же РФ в случае чего уже являются доказательной базой того, что фактически вы налоговый резидент РФ (при более 183 дней работы в той фирме и уплаты налога за это время). Мало ли чего вы находитесь здесь - может в командировке или просто на вечер приехали к семье. С другой стороны при желании платить налоги в РБ не знаю насколько реально сразу получить освобождение от уплаты налогов в РФ, но, при увольнении из фирмы РФ, и при "переезде" типа жить обратно в РБ можно запросить возврат налогов уплаченных в РФ за время работы "там".
В первом случае проблемой, как я понимаю, будет то, что деньги будут перечисляться на ваш счет в белорусском банке, что всплывет в МНС в следующем году по любасу (т.е. лучше до конца февраля отчитаться по этим доходам). Решиться этот вопрос полагаю может с предоставлением в МНС РБ необходимых справок из МНС РФ и бухгалтерии фирмы РФ - этот вопрос лучше заранее уточнить в нашей налоговой.
При договоре, например, когда юрлицо РФ вам будет отчислять, например, за авторские права, то там в РФ они должны платить только налоги обычные для юрлица без всяких там НДФЛ и т.п., т.к. ваши деньги у них вообще должны будут идти в затраты - а вы уже здесь будете отчитываться по подоходному на общих основаниях.
Поэтому лучше продумать о форме договора, целях платежей и т.п. заранее и заранее уточнить все вопросы в налоговых и РФ и РБ, чтобы потом не попасть в ситуацию, когда нужно будет мухой бегать за справками - что может потребоваться даже в том случае, если вы ничего платить не должны будете. Однозначный же ответ на ваш вопрос дать невозможно, т.к. недостаточно входных данных, а вариантов возможных много.
Вымирающий вид.