Evpalov,
1. Зарегистрируйте домен на себя. Самый простой способ - регистрировать самостоятельно и никому не давать право на управление. Если регистрировал кто-то другой - потребовать передачи прав. По законодательству домен не покупается, а временно используется, так что отсудить его будет сложно.
Де-факто, домен - это право на сайт. Если вы контролируете домен - вы контролируете сайт.
2. Сайт это содержимое + движок сайта. Как правило, движок сайта ничем особо интересным не является. Если он был написан именно под вас, продать его в чистом виде очень сложно. С защитой контента дело обстоит сложнее. Относительно нормально защищаются только изображения - водяными знаками на них. Текст копируется очень просто и ничем не защищается.
3. Идея, теоретически, может считаться полезной моделью, но это спорно. На полезную модель можно получить патент. Регистрация лого и бренда проводится в соответствующих органах. Только, насколько я знаю, регистрация эта международная и стоит немалых денег.