Snowboard, в настройках программ указать работать "через прокси" и указать в качестве прокси на работающий privoxy, polipo или иной http прокси, который настроен на совместную работу с тор.
Но ведь есть https
Я это и имею в виду. Используйте https, шифрование.... 
Просто многие считают, что используя тор, можно исключить шифрование, а это не так.... вот и утекают пароли и прочее через exitnodes которые снифают трафик.
Был большой скандал по этому поводу как-то в зарубежных интернетах
UPD. Нашел: http://blogs.zdnet.com/security/?p=503
Can exit nodes eavesdrop on communications? Isn't that bad?
Yes, the guy running the exit node can read the bytes that come in and out there. Tor anonymizes the origin of your traffic, and it makes sure to encrypt everything inside the Tor network, but it does not magically encrypt all traffic throughout the Internet.
This is why you should always use end-to-end encryption such as SSL for sensitive Internet connections. (The corollary to this answer is that if you are worried about somebody intercepting your traffic and you're *not* using end-to-end encryption at the application layer, then something has already gone wrong and you shouldn't be thinking that Tor is the problem.)
