Frog_:
Sima_Lion, просто ваше приложение не Samsung Pay не знает есть ли у вашего телефона MST и как им пользоваться, поэтому оно не может с ним работать,
*не претендует на экспертное мнение, только мысли* 
Так смотрите, как думаю я:
1. в стороннем приложении (которое не знает держит ли тел МСТ) мы активируем оплату;
2. приложение обращается к телу и дает команду активировать платежное железо (рассмотрим когда тел держит МСТ) и произвести оплату , сообщает железу реквизиты карты для генерации токена для оплаты;
3. Вы подносите тел к терминалу, тел первично активирует NFC, т.к. это более безопасный способ, EMVшный. Если в течении некого времени тел не получает сигнал от терминала (в терминале нет Contactless функции) - тел активирует МСТ, и оплата проходит по эмуляции магнитки.
Frog_:
более того при наличии карты с чипом, ее авторизации должна проводиться по ней, как это реализовать только через MST даже интересно.
А на счет этого в любой карте при ее эмиссии есть CVM листы (Card Verification Metod), такие же листы настроены и в терминале. Соответственно их настраивает эмитент и эквайер соответственно для карт и терминалов. Так вот там как раз и описывается, например, первично для оплаты чип+пин, если оказ или терминал не поддерживает такой способ - магнитка и пин, если и этот не подошел - магнитка и подпись и т.д. и т.п.
Поэтому ничего страшного нет, что по EMV карте в EMV терминале идет оплата магниткой (MST)
А вообще, нужно затестить, круто если кто попробует и отпишется здесь. У меня, к сожалению, нет самсунга 
