giborg,
Если груз предназначен для Минска , то неважно через какой порт он войдет в ЕС: Хоть Клайпеда, Хоть Рига, хоть Гамбург. Других вариантов у него нет, кроме:
он пересекает границу а потом едет в Минск на таможню, где все документы и оформляются.
Не понятен Ваш вопрос. В транзитном порту тоже кое-что оформляется: ТИР, СМР, жд. накладная и т.п. в зависимости от условий сухопутной доставки.