B.S., какую особую аутентичность вы искали? Основная аутентичность заключается в поведении японцев. Если речь про архитектуру, то ее также хватает. Но в основном застройка безликая. Лично меня в Японии больше привлекают нематериальные вещи (организация транспорта, в том числе) и природа.
Про цены полностью согласен. По сравнению с Европой там все достаточно дешево. Но это пока йена сильно просевшая по отношению к доллару. Региональные проездные можно брать. Они как минимум, себя окупят по деньгам, но будут очень удобными в процессе передвижения. Их очень много разных. Можно найти самый оптимальный для себя.
Касательно Киото - даже нечего сравнивать с Токио. Совсем разные места по атмосфере. Полагаю, что впечатления у вас оказались смазанными из-за жуткого наплыва туристов (сравниваю с тем, что было 10 лет назад). Нынче их реально много, нам пришлось уходить из раскрученных мест, ибо там ты просто терялся в хаосе и не получал ни грамма впечатлений. И тогда там реально дышалось легко и ты получал кусочек аутентичной Японии. Но даже там, где еще 10 лет назад не было ни одного человека, нынче их было много. Из минусов: Японский туризм все больше коммерциализируется, со всеми вытекающими отсюда минусами.