PCI-E 1-2-2.1-3 обратно совместимы. Проблем почти нет, не считая уже описанного случая.
Однослотовые - система охлаждения небольшая по высоте, не блокирует ближайшие слоты на материнской плате, но это сопряжено с трудностями по охлаждению/шумовым показателям (сейчас 2хслотовые - стандарт, т.к. обычно более эффективны, чем однослотовые, и всё же можно мерится с занимаемым местом).
SSD под систему - довольно приятно по скорости загрузки винды/прог, пригодится весьма в онлайновых играх типа lineage, но не критично, если с чем специфичным не работаете. Вообще, система без отключения гибернации и т.п. занимает гигов 20 после установки, далее подрастает (может и значительно, зависит от кол-ва софта и времени жизни системы на компе), но покрывается чем-либо в 60 гигабайт обычно (у меня игра на 15 да система на 20 стоят, пару гигабайт на разное и часть места свободна для сохранения скорости/ресурса, как пока рекомендовалось обычно). Игры, в большинстве своем, от SSD бонуса не получают, кроме чуть меньших (в пределах нескольких секунд) загрузок. Так что система+пара основных прог/игр на ссд, остальное на hdd - практикуют и не редко. Да и всякие кэширующие технологии для ссд+хдд толкаются intel'ом тем же. Но если есть возможность, я бы на 128Gb смотрел. Причем что-либо вроде crucial m4, т.к. у них скорость чтения на заполненных разделах почти не падает и лучше TRIM и "сбор мусора" работают (так начальные скорости никуда не убегут от вас), в отличие от тех, что на sandforce контроллерах спроектированы (intel 520, ocz agility3/vertex3/solid3, corsair force 3 и т.п.).
В принципе, ничего страшного с подготовкой установки не вижу, в биосе режим в ahci и вперёд. Можно даже особо винду не оптимизировать, проверить включен ли ahci и TRIM, остальное производители "учитывая ресурс последних SSD" не просят трогать (хотя кто их знает, что у них там на уме^^). Разве что рекомендуется прошивку на последнюю доступную обновлять (гайды есть на сайтах производителей, можно разобраться без особых усилий), часто улучшает показатели и решает критичные проблемы. Но win 7 рекомендована для ssd больше, из-за поддержки trim, некоторых оптимизаций и т.п.. Да и 3 Tb веник располагает к её использованию) Мне нравится после xp)