Что-то все слишком сложно получается. Договор у нас с Upwork. Отправитель платежа тоже Upwork. Реальный заказчик услуги нигде в договорах не фигурирует. Перекручиваете все на изнанку.
Что, кстати, может быть истолковано двояко, так как правоотношения с заказчиком выходят за рамки договорных отношений с Upwork и в идеальном случае должны были бы оформляться отдельным договором. Иначе может получиться, что деньги исполнитель-фрилансер получает не понятно от кого и не понятно за что (Upwork - посредник, а не заказчик услуг). Могут быть вопросы.
Что касается вознаграждения Upwork, то оно удерживается сервисом ESCROW из денег, которыми заказчик оплачивает услуги исполнителя-фрилансера. Технически деньги выплачиваются заказчиком услуги ESCROW, то есть исполнителем-фрилансером, только осуществляется это не в прямой форме, а путем зачета взаимных требований. Такая форма расчетов не отменяет самого факта выплаты вознаграждения в пользу нерезидента, которое может являться объектом обложения НДС (так называемый "агентский НДС" и налогом на доходы иностранных организаций.
Отдельно обращаю внимание, что следует различать НДС, который платится "за себя", и "агентский НДС", который может возникать в результате хозяйственных отношений с нерезидентами. Можно не быть плательщиком НДС "за себя", но при этом признаваться налоговым агентом по НДС за иностранную организацию и нести обязанности по его исчислению и уплате в бюджет.
Кроме того, в случае применения УСН 3% с НДС следует быть осторожным с характером услуг, оказываемых иностранным заказчикам, так как объект обложения НДС не возникает только в случае услуг, указанных в пп. 1.4 п. 1 стать 33 НК. Если это другие услуги, то согласно пп. 1.5 п. 1 статьи 33 НК они могут считаться оказанными на территории Беларуси и будут объектом обложения НДС. В общем, если уж решили использовать УСН 3% с НДС, то Статья 33 НК - ваш лучший друг или заклятый враг, ее нужно знать и владеть.
Возвращаясь к Upwork и налогам, которые могут взиматься с его вознаграждения: это может быть "агентский" НДС и налог на доходы иностранных организаций. По первому, чтобы не создавался объект обложения налогом, нужно убедиться, чтобы услуга Upwork не трактовалась как одна из услуг, описанных в пп. 1.4 п. 1 статьи 33 НК, то есть чтобы они считалась оказанной не на территории Беларуси. Тут могут быть нюансы, так как эту услугу можно трактовать по-разному.
Что касается налога на доходы иностранной организации, то для освобождения от его уплаты нужна справка от Upwork, подтверждающая его постоянное местонахождение в иностранном государстве. В таком случае можно будет воспользоваться соглашением об избежании двойного налогообложения. Если справки нет, то уплата налога обязательна (15% от суммы вознаграждения Upwork). Но и здесь есть нюансы, так как формально эту сумму нужно удержать из вознаграждения Upwork, а такой возможности у нас нет... В общем, все сложно.