Утрата паспорта с нераспечатанным шенгеном

Есть ли шанс восстановить визу?

НЕТ. Придется делать все заново.

Чем чревато неиспользование визы?

Да ничем. Просто опишите свою ситуацию. Не думаю что будут какие-то проблемы.

Вам только надо паспорт анулировать скорее, т.е. подать заявление о признании паспорта недействительным в связи с утратой.