Группа была основана двумя музыкантами, известными под псевдонимами Lord Lokhraed и Herr Suizid, которые познакомились в 1993 году во время обучения в музыкальной школе. К началу совместного творчества музыкантов подтолкнули схожие музыкальные вкусы и взгляды на композицию и настроение песен. Музыка Nocturnal Depression задумывалась как медленные композиции в стиле ноктюрн, сочетавшие применение приёмов композиторов периода романтизма — Дебюсси, Верди, Шопена — и инструментария блэк-метала — тремоло и дисторшн. Среди основных источников вдохновения музыкантов — группы Forgotten Tomb, Nargaroth и Bethlehem, а также альбомы Filosofem и Dance of December Souls.
Изначально Herr Suizid отвечал за всю инструментальную и композиционную часть, а Lord Lokhraed — за вокал. Первые демо-записи и альбомы записывались в домашних условиях на магнитофон, каждый инструмент записывался одним дублем. Во время работы над записью Suicidal Thoughts музыканты беседовали с пациентами психиатрической лечебницы, пытавшимися совершить самоубийство, чтобы лучше понять мысли человека в этот момент. Сначала демо-записи распространялись бесплатно среди друзей и родственников. Лишь в 2004 году, после прихода популярности к таким DSBM-группам, как Forgotten Tomb и Shining, демо-записи стали выпускаться официально. Так, кассета Fuck Off Parisian Black Metal Scene была записана в 1999 году, но выпущена лишь в 2005 году. После начала выхода демо-записей, создававших впечатление работ на уровне полноценных альбомов, группа быстро сделала себе имя в андеграундной среде.
После записи Four Seasons to a Depression группа стала постепенно переходить на более качественное оборудование и начала работать с новыми звукорежиссёрами с целью повышения качества звука в своих композициях. С 2006 по 2011 год Nocturnal Depression выпускали по альбому в год. С 2008 года в записи стали участвовать дополнительные музыканты. Тем временем, Herr Suizid стал постепенно отстраняться от группы — на альбомах 2010—2014 годов он указан лишь как дирижёр, в работе над альбомом 2015 года участия не принимал. Lord Lokhraed, в свою очередь, постепенно перешёл от игры на гитаре во время живых выступлений к роли ведущего гитариста коллектива. Музыкант страдает от эктродактилии — на его левой руке только два пальца, вследствие чего ему пришлось изобретать особую технику игры на гитаре.
